Η Παγκύπρια Ενιαία Οργάνωση Φοιτητών (Π.Ε.Ο.Φ) πιστή στις αρχές ενός υγιούς φοιτητικού κινήματος θέτει ως πρωταρχικό της ιδεολογικό υπόβαθρο την αυτονομία της ως φοιτητικής παράταξης.

H αυτονομία στα πλαίσια του φοιτητικού κινήματος και όπως την εννοεί η Π.Ε.Ο.Φ, χωρίζεται σε πέντε άξονες.

Α) Ιδεολογική: Το φοιτητικό κίνημα δεν μπορεί να λαμβάνει εντολές από έτερα κέντρα αποφάσεων, τα οποία και να τον υπαγορεύουν τρόπους ενέργειας ή τον πολιτικό του λόγο. Στόχος της αυτονομίας είναι η διαμόρφωση ιδεολογίας μέσω ελεύθερης κρίσης, στάθμισης και αξιολόγησης των παραγόντων και όχι ο εξ άνωθεν έλεγχος της φοιτητικής σχέσης..

Β) Διοικητική: Είναι αδιανόητος ο διορισμός ατόμων σε θέσεις του Διοικητικού Συμβουλίου της παράταξης όπως και η οποιασδήποτε μορφής τήρηση γενικής εποπτείας από εξωγενή κέντρα αποφάσεων. Η Π.Ε.Ο.Φ υπάρχει και λειτουργεί από φοιτητές και αντιτάσσεται ριζικά στην εμπλοκή έμμισθων κομματικών υπαλλήλων και «φοιτητοπατέρων» στο φοιτητικό κίνημα.

Γ) Οικονομική: Η παράταξη αυτοχρηματοδοτείται. Η οικονομική συντήρηση από κόμματα σημαίνει αυτόματα και απώλεια της αυτονομίας εφόσον αυτά θα επιδιώκουν ανταλλάγματα για την προσφορά τους.

Δ) Πολιτική: Το φοιτητικό κίνημα δεν μπορεί να εξαρτάται στη διαμόρφωση της πολιτικής του φωνής από πρόσωπα ή διπολιστικούς χαρακτηρισμούς.Τα φοιτητικά κινήματα διέπονται μόνο από αρχές και ιδεολογίες και λειτουργούν  με βάση αυτές.

Ε) Προσωπική: Κάθε φοιτητής που εντάσσεται στην αυτόνομη παράταξη της Π.Ε.Ο.Φ διατηρεί την δική του προσωπική αυτονομία, η οποία λειτουργεί παράλληλα με την παραταξιακή αυτονομία και ενισχύει τόσο αυτήν όσο και τις δημοκρατικές αρχές στις οποίες στηρίζεται η παράταξη.

Η αρχή της μη κομματικοποίησης του φοιτητικού κινήματος, αποτελεί προϋπόθεση για την ύπαρξη υγιούς και αυτόνομου φοιτητικού κινήματος. Δεν υπάρχει αντίθεση στα κόμματα ως θεσμό αλλά στην χαλιναγώγηση του φοιτητικού κινήματος από αυτά. Η δημιουργία κομματικών φυτωρίων εξυπηρετεί την συνειδητή, πρόωρη και κατευθυνόμενη διαμόρφωση της πολιτικής σκέψης των φοιτητών, ώστε να μετατραπούν σε άβουλα υποχείρια των κομμάτων. Είναι γι’ αυτό που ο ίδιος ο πολιτικός χαρακτήρας του φοιτητικού κινήματος προϋποθέτει την λειτουργία του ανεξαρτήτως κομματικών σκοπιμοτήτων.